一、初创时期
南开大学1919年建校，设文、理、商三科，在文科设有哲学学门。
文、理、商三科中，全部开设的课程又分为四组：文言学组、数理组、哲学及社会科学组和商学组。哲学及社会科学组包括哲学、心理学、教育学、政治学、历史学、社会学六个学门。1922年，哲学门改称为哲学教育系。
1920年，南开大学哲学会成立，它是我校最早的学生学术社团之一。该社团的建立开启了南开大学学生自发从事学术问题研究的先河，在南开大学学生社团史上占有举足轻重的地位。早期在南开大学讲授哲学的主要教师有张彭春（中国现代话剧的主要创始人）、凌冰、张见安、董任坚等。
1925年春，黄钰生先生在芝加哥大学获教育学硕士学位后来校任教，先后担任心理学、哲学和教育史的教学工作。是年，凌冰代表中国出席国际教育会议。1926年3月，黄钰生当选文科主任。1925年，汤用彤受聘哲学系教授并任哲学系系主任，并开设了逻辑、西洋哲学史、现今哲学、实用主义、社会学纲要、伦理学、宗教哲学、佛学史等十余门课程。西南联大期间，汤先生又与清华、南开哲学同仁共度时艰，也为南开哲学的发展作出了巨大贡献。
1925年，南开哲学的第一届学生王孝鱼毕业，后成为中国现代船山学的开拓者。
1929年11月，文、理、商三科改为文学院、理学院和商学院。1932年以后，文学院大体上保持了政治学系、英文学系、哲学教育系三系设置，直至抗日战争爆发。
1930年，冯文潜先生来南开哲学系任教，开设过哲学概论、中国哲学史、西洋哲学史、柏拉图之社会政治哲学、近代政治哲学、审美学等课程。后历任哲学系主任、图书馆馆长等职务。
1932年4月19日，张彭春在思源堂连续作访问苏联报告，如“共产主义的哲学背景”和“苏俄教育状况”，在南开师生中积极宣传进步思想。1936年8月18日，我国著名哲学家贺麟先生来校演讲“中外先哲处国难之态度”，此时正值日军屡屡阴谋侵略中国之时，在这样的背景下，贺麟先生的讲演给南开师生在思想上敲响了警钟。
二、西南联大时期
1937年平津陷落，各大学南迁。南开与北大、清华同迁长沙，合组国立长沙临时大学。文学院在南岳圣经学校上课，设有哲学心理教育系，系务由系教授会主席主持。是年10月，冯友兰任哲学心理教育系教授会主席。1937年底，国民政府首都南京沦陷，震动全国。长沙临时大学各校于1938年2月20日离开长沙，以徒步行军的方式西迁云南。迁移过程中，哲教系学生刘兆吉，沿途采风，收集了二千多首民歌，后由闻一多、朱自清、黄钰生作序出版。是年4月28日，三校师生抵达昆明，改校名为国立西南联合大学。
1938年4月19日，冯友兰辞去系教授会主席职务，代理文学院长（因胡适尚未到任），汤用彤接任哲学心理教育学系教授会主席。1938年7月29日，哲学心理教育系改称哲学心理系。1939年6月，西南联大常委会决议，各学系教授会主席一律改称系主任。
1943年7月22日，汤用彤辞哲学心理系主任，冯文潜代理主任一职。1944年8月9日，冯文潜请辞代理主任，汤用彤再任系主任。1946年5月29日，汤用彤因公离校，贺麟暂行代理系主任一职，直到联大结束。
联大期间，三校为便于处理各校自身事务，在昆明分别设有办事处。南开大学也保留了若干行政和教学组织，设秘书长和各学院院长，文学院长由冯文潜代理。南开大学办事处保持精干节俭的传统，负责管理本校经费、师生生活以及学生招考和注册事务。西南联大时期，南开哲学系与北大、清华两校哲学系的师生同舟共济，在各种条件十分困难的情况下，团结一致，通力合作，形成了西南联大的新风格，在战乱时期的中国哲学教育史上占有重要的位置。期间，西洋哲学史为必修课，讲授从希腊至近代西方哲学思想的历史。1937-1938年由贺麟讲授，以后则一直是冯文潜讲授。冯文潜还开设选修课柏拉图哲学和艺术论两门。著名九叶诗人郑敏、著名哲学学者王太庆、张世英等人都为西南联大哲教系学生，都表示曾受益于冯文潜先生其人其学。
三、重建和调整时期
1946年5月，南开大学开始迁返天津原址。10月17日，南开大学复校开学典礼举行。复校后，南开大学共设文理工商四个学院，16个系。哲学教育系为文学院四系之一，文学院院长冯文潜兼任哲学教育系主任。先后任教的教师包括：张彭春、黄钰生、冯文潜、喻传鉴、查良钊、庞景仁、王维诚、王逊、张世英等。哲学课程主要有：中国哲学史、西洋哲学史、美学、形而上学、老庄哲学、柏拉图哲学、道德哲学、逻辑、数理逻辑、印度哲学史、知识论、孔孟荀哲学、现代哲学、笛卡尔哲学、中国艺术批评史等。
1952年，高校院系调整，南开大学哲学系撤并。
1958年，南开大学开始恢复建立哲学专业。1959年，温公颐教授调任南开大学，负责哲学系复建工作。1960年在政治经济系设立哲学专业，并开始正式招生。1962年，哲学专业从政治经济系中独立出来，成立哲学系，温公颐先生担任系主任。
1977年，我国正式恢复了高校招生考试制度，哲学系的发展开始步入正轨，正常的教学与科研得以恢复，并逐步开辟了新的研究领域，使南开大学哲学系逐渐成为我国重要的哲学专业人才培养基地之一。
四、改革开放新时期
中共十一届三中全会后，南开大学哲学系进入了良性发展的轨道。在教育教学方面，形成了较为完整的人才培养体系。在科研方面承担了大量的各级、各类科研项目，在全国同类学科中居于领先水平，为南开哲学的再次腾飞奠定了坚实的基础。自1980年始，哲学系主要二级学科开始招收硕士研究生。
1980年，费孝通先生来到南开大学，希望南开设立社会学专业，培养社会学人才。当时，哲学系也正尝试设立新的专业，便立即接受了这一培养急需人才的任务。有教师建议采取哲学系建系时的方法，南开大学在哲学系设立社会学班，从文科各系学满三年的学生中，选拔一批学生开展社会学专业教育，培养社会学师资。苏驼任该班班主任。
1981年，哲学系在全国高校中率先设立了社会学专业，并招收社会学专业研究生，为全国高校培养了一大批社会学专业高级人才。1982年，南开大学成立了社会学系，成为我国社会学专业人才培养的基地之一。
1981年，逻辑学专业获批博士学位授权点。
1981年，温公颐教授不再担任哲学系主任职务，由苏驼教授接任。1982年南开大学成立社会学系，苏驼教授改任社会学系主任。
1985年，陈晏清教授任系主任。
1986年，马克思主义哲学和中国哲学获批博士学位授权点。
1994年，原国家教委（现教育部）批准哲学系为首批“国家文科基础学科人才培养和科学研究基地”，南开大学哲学系可以培养博士研究生、硕士研究生、本科生。1995年开始，根据基地建设要求，着手进行哲学专业课程体系和教学内容改革。
1997年5月，阎孟伟教授担任哲学系主任。是年，哲学系继续深化教育教学的改革，在哲学教学过程中引入现代化教学手段。其中主要工作包括：初步完成哲学专业课程体系改革，利用基地建设经费和自筹经费建成基地计算机网络教室、多媒体教学实验室、教育教学研究室，并改造更新了图书资料室。初步形成了现代化教学系统、教学研究系统、办公系统和图书资料系统。
2000年10月，王南湜教授出任哲学系主任。哲学系的教学科研水平稳步提高，学科建设和师资队伍建设更是取得了显著进展。哲学系广开门路，择优引进了多名高水平学术人才，并吸收多位具有博士学位的中青年教师来系任教。这些学术人才和学术骨干的引进充实了教师队伍，形成了强有力的学术群体。哲学系文科基地也于2001年11月通过了教育部的验收。
2001年，开设宗教学专业，并开始招生。
2002年开始在本科教学中推行了“全程导师制”。2003年，获得哲学一级学科博士学位授予权，并获人事部批准设立哲学学科博士后流动站。从2003年至2005年，针对哲学、逻辑学本科专业的教学计划和培养计划，制定了新的本科课程体系。
2005年6月，李翔海教授出任哲学系主任。2006年，哲学系进一步巩固传统优势学科的龙头作用，马克思主义哲学和中国哲学在新一轮评选中再次被批准为“天津市重点学科”。
2007年，马克思主义哲学获批国家重点学科。
2008年10月，哲学系哲学专业获批教育部高等学校第一类特色专业建设点。
2009年3月，王新生教授出任哲学系主任。
五、发展与成绩
哲学系建系以来，在此工作过的教职工近两百人。1962年重建以来，在哲学的各主要学科汇聚大批优秀人才，形成了老中青相结合的师资队伍。近十年，不断吸收一批具有博士学位的中青年骨干充实教师队伍，使哲学系有了一支梯队完整、后备力量雄厚的师资队伍。
十年来承担了多项国家级、教育部、天津市重大科研项目，教师人均主持项目数量居全校前列。入选国家社科成果文库5项。出版专著、教材、译著60余部，在国际国内学术期刊发表论文1000余篇。
南开哲学系在历年的发展过程中，以学科建设为龙头，推进教学与科研的有机结合，集中优势力量，发挥教师的积极性和创造力，逐步形成了南开特色。马克思主义哲学的社会政治哲学研究，开辟了我国马克思主义哲学学科的新领域；中国哲学在新儒家研究、中国哲学范畴研究、中国原始思维研究方面居于领先地位；外国哲学在中世纪哲学、德国古典哲学、现代西方哲学等领域处于先进水平；逻辑学在中国逻辑思想研究方面独树一帜，在国内外学界享有盛誉；其他领域的研究均有重要影响，如毛泽东哲学研究、伦理学研究、马列经典研究、美学研究、科技哲学研究等均在国内外学术界有重大影响。
哲学系恢复建系以来，有几千名各类毕业生走上了祖国各条战线的工作岗位。他们在我国的现代化建设中发挥了重要作用。一部分毕业生已经成为我国著名的专家、学者；一部分毕业生担任了党、政、军有关部门的重要职务。
六、面向未来 争创一流
在历史发展过程中，哲学系积累了丰富的办学经验，形成了“传承人类智慧，化育一流人才”的学术传统和的办学理念。
2010年6月，经学校批准，哲学系更名为哲学院，王新生教授任院长。
2010年10月，政治哲学与和谐社会建构研究中心获批天津市哲学人文社科基地。
2011年10月，哲学学科被批准为“天津市一级重点学科”
2011年12月，南开大学当代中国问题研究院成立，该研究院以南开大学哲学院为学术依托单位，对当代中国的重大现实问题进行理论研究，打造跨学科互动交流的平台。研究院以哲学学科为基础，吸收了政治学、经济学、管理学等多个学科的优秀学者，形成了具有南开特色的协同研究共同体，取得了丰硕成果。
2012年10月，为庆祝南开大学哲学院恢复重建50周年，原全国政协主席李瑞环同志亲笔题词“传授原理引导应用”。
2015年9月，哲学院迁入津南新校区，教学和科研条件得到了根本性改善。
2017年10月，翟锦程教授出任哲学院院长。
2019年，哲学专业获批国家级一流本科专业建设点。
2020年，入选高等学校“强基计划”，入选教育部拔尖学生培养计划2.0基地。
2020年，“实验逻辑学”荣获国家级一流本科课程。
2020年，开办“哲学伯苓班”，依托教育部“强基计划”和“拔尖计划2.0”，建立“本科——硕士——博士”的通贯培养体系，造就从事哲学学术研究的专门人才。
2021年，逻辑学专业获批国家级一流本科专业建设点。
2022年，“逻辑推理课程虚拟教研室”获批教育部首批虚拟教研室建设试点。
2022年是南开大学哲学学科建立103年，建系100周年，哲学院（系）恢复重建60周年。南开大学哲学将一如既往，抓住历史机遇，正视时代挑战，以哲学的方式为新时代服务，为我国的哲学教育和人才培养事业做出自己应有的知识贡献和社会贡献。
2023年4月8日，南开哲学百年纪念大会在津南校区大通学生中心隆重举行。
2023年，参与“101计划”部分课程建设。
2024年6月，干春松教授出任哲学院院长。
